御茶水工业大学生早乙女和也，因恶友南原耕太郎的阴谋赠送的病毒CD发作、试图抵抗之下，居然莫名奇妙的连结到生化达因公司网站，还误订了生化娃娃（Cyber Doll，简称CBD）。快递员送来了生化娃娃小梅 千年一次的彗星之夜里，愿望将会完成…… 立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程为了观看千年彗星出现的刹那，离开恩斯游乐场，并看法魔术师巴特勒与戴安。在魔术扮演中， 千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现…… 立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小 在代欧奇希斯（以下代欧）变成防御型态与裂空坐持续激战的同时，拉鲁斯市广播系统昭告大家紧急避难。市民们听到广播后便惊慌疏散。代欧此时又变成攻击型态，并对裂空坐释出攻击。广播持续呼吁民众这并非演习，而小超 故事一开始是一处正在施工的工地，地点正是区公所建设预定地。而正在施工的挖土机突然挖到一块极为坚硬的岩石，而姓四加的司机就下来查看他正在挖的岩石，接著从中捡到一块他没见过的遗迹板子。因为工程进度的关系， 六年级的小学生进藤光（川上友子配音）无意中翻出了爷爷家的旧棋盘。触碰棋盘的一瞬间也释放出了寄居在其上的平安时代棋士藤原佐为（千叶进步配音）的灵魂。附身于小光体内的佐为视棋如命，小光在其软磨硬泡下开始下 
